腺肌症的治疗需根据患者年龄、症状、生育需求等综合判断，目前并没有绝对“最有效”的单一方法，不过常见的治疗方式有药物治疗、手术治疗和聚焦超声治疗等。一般来说，对于症状较轻、有生育需求或接近绝经期的患者，药物治疗可能是一种选择；而对于症状严重、无生育需求的患者，手术治疗可能更直接。
药物治疗方面
非甾体抗炎药：像布洛芬等非甾体抗炎药，能缓解腺肌症引起的痛经等症状，约60% - 70%的患者服用后痛经能得到一定程度的减轻，但它不能从根本上消除腺肌症病灶。GnRH-a类药物：比如亮丙瑞林等，可抑制卵巢功能，使雌激素水平降低，让异位的子宫内膜萎缩，一般用药3 - 6个月后，患者的子宫体积可能会缩小，但停药后症状有可能复发，而且长期使用这类药物可能会引起骨质疏松等副作用。
手术治疗方面
子宫腺肌病病灶切除术：适用于年轻、有生育需求的患者，通过手术切除子宫内的腺肌症病灶，但术后有一定的复发风险，复发率大约在10% - 20%。子宫切除术：对于无生育需求、症状严重且药物治疗无效的患者，子宫切除术是一种彻底的治疗方法，能根治腺肌症，但会丧失生育能力，并且术后可能会对患者的心理等产生一定影响。
聚焦超声治疗方面
聚焦超声消融治疗：利用超声波聚焦在病灶处，使病灶组织坏死，从而达到治疗腺肌症的目的，这种治疗方式创伤较小，术后恢复相对较快，不过并不是所有腺肌症患者都适合，大约70% - 80%的适合患者治疗后症状能得到改善，但也存在个别患者复发的情况。