治疗扁平疣可以采用药物治疗、物理治疗等方法，其中药物治疗里常用的有维A酸类药物等。一般来说，不同方法有不同特点，比如药物治疗相对比较方便，但起效可能慢一些；物理治疗起效相对快些。
药物治疗方式
外用药物： 维A酸类药物是常用的，像维A酸乳膏，它可以调节细胞分化，促使疣体脱落。不过使用时要注意，可能会有局部刺激症状，如红肿、脱屑等。还有5%的咪喹莫特乳膏，它是通过调节免疫来发挥作用的，一般每周使用3次，6 - 10周为一个疗程，但部分人用后可能会出现局部红斑、糜烂等反应。内服药物： 对于难治性扁平疣，可能会使用免疫调节剂，如转移因子口服溶液，它能调节机体免疫功能，但起效相对较慢，可能需要连续服用几周甚至几个月。
物理治疗方法
冷冻治疗： 利用低温使疣体坏死脱落。一般冷冻后局部会出现水疱，然后结痂脱落，通常1 - 2周能看到效果。不过可能需要多次治疗，而且治疗部位可能会有色素沉着等情况，儿童皮肤比较娇嫩，冷冻时要谨慎操作。激光治疗： 二氧化碳激光可以直接烧灼疣体，使其去除。治疗后创面要注意护理，避免感染，一般1周左右创面能愈合，但也存在留疤的风险，尤其是疤痕体质的人要特别注意。
自我护理要点
皮肤清洁： 要保持皮肤清洁卫生，每天用温水清洗脸部等扁平疣好发部位，但要注意水温不宜过高，避免过度清洁损伤皮肤，引发感染加重病情。避免搔抓： 扁平疣有自身接种的特点，搔抓会使病毒接种到正常皮肤，导致疣体增多。所以要告诫自己和孩子不要用手搔抓患处，防止疣体扩散。增强免疫力： 平时要注意规律作息，保证每天有7 - 8小时的充足睡眠，让身体各器官得到良好休息，有助于提高免疫力。还要均衡饮食，多吃富含维生素和蛋白质的食物，如新鲜蔬菜、水果、牛奶、鸡蛋等，为身体提供营养，辅助增强免疫力来对抗病毒。