肛内尖锐湿疣反复复发主要由以下多种原因导致：
一、治疗不彻底：尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引发的性传播疾病，在外生殖器部位多发，肛周、肛管也可能出现。肛管内的尖锐湿疣位置特殊，常规治疗方式如二氧化碳激光、液氮冷冻、微波、上药等，若疣体长得较深，可能难以完全触及肛管深处，深处残留的疣体组织若治疗不彻底，就会造成治疗后尖锐湿疣复发。
1.二氧化碳激光：通过激光能量来去除疣体，但对于较深位置可能存在遗漏。
2.液氮冷冻：利用低温使疣体组织坏死脱落，但深处的处理可能不够全面。
3.微波治疗：可消除疣体，但对肛管深处的精准度可能有限。
4.上药：药物可能较难到达深处并充分发挥作用。
二、局部微环境：肛管内部温热潮湿的环境有利于尖锐湿疣在局部的复制扩增，所以肛内尖锐湿疣生长会比较快且容易复发。
三、依从性不高：部分患者在看到外部疣体去除后便以为痊愈，不遵循医嘱定期复诊，此时肛内残余的尖锐湿疣可能重新生长导致病情复发。
四、机体免疫力较差：患者若有糖尿病、肝肾疾病甚至合并艾滋病等基础疾病，会导致免疫力低下，从而使肛内尖锐湿疣容易复发。
由于肛内尖锐湿疣容易反复复发，所以当发现肛门处有瘙痒、疼痛等情况时应及时就医，做到早发现早治疗，治疗后要留意有无复发情况，出现新皮疹时需再次治疗。此外，患有肛内尖锐湿疣的患者要避免不洁性接触，与性伴侣同期检查，可预防相互感染。