全飞秒手术后第二天早上眼睛干疼，可能是正常的术后反应，也可能是其他原因引起的。以下是一些可能的原因和处理方法：
1.角膜水肿：全飞秒手术中，角膜会受到一定的损伤，术后可能会出现水肿，导致眼睛干疼。这种情况通常会在术后几天内逐渐缓解。可以通过使用人工泪液来缓解眼睛干疼的症状，同时注意眼部休息，避免过度用眼。
2.角膜神经损伤：手术过程中可能会损伤角膜神经，导致眼睛感觉异常，包括干疼。这种情况通常需要一段时间才能恢复。可以使用营养角膜的药物，如重组人表皮生长因子滴眼液等，促进角膜神经的修复。
3.术后感染：如果手术部位发生感染，也会出现眼睛干疼、红肿等症状。这种情况需要及时就医，使用抗生素眼药水进行治疗。
4.干眼症：手术前后长时间使用电脑、手机等电子设备，或本身就有干眼症的患者，术后可能会加重眼睛干疼的症状。可以使用人工泪液来缓解症状，同时注意眼部保湿，避免长时间用眼。
5.其他原因：如眼压升高、过敏等也可能导致眼睛干疼。如果眼睛干疼症状持续不缓解或加重，或伴有其他不适症状，如视力下降、眼红、眼分泌物增多等，应及时就医，进行相关检查，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。
需要注意的是，每个人的情况可能不同，因此处理方法也可能有所差异。在术后出现眼睛干疼等不适症状时，应及时就医，进行详细的眼部检查，以确定原因，并采取相应的治疗措施。同时，术后应注意眼部休息，避免用眼过度，保持眼部清洁，避免感染。遵医嘱使用眼药水，并定期复查，以便及时发现并处理可能出现的问题。