三叉神经痛发生的原因主要与神经受到压迫或损伤有关。据研究，约90%以上的原发性三叉神经痛是由于三叉神经根部受到小血管的压迫所致，这些异常走行的血管会对三叉神经造成刺激，从而引发疼痛。
血管压迫因素
血管结构异常：颅内的动脉血管，如小脑上动脉、小脑前下动脉等，可能发生迂曲、扩张等情况。随着年龄增长，血管会出现一定程度的退变，弹性下降，更容易贴近三叉神经根部。据统计，在40岁以上人群中，这种血管与神经的异常接触发生率相对更高。当这些血管长期压迫三叉神经时，就会干扰神经的正常传导，导致神经异常放电，进而引发三叉神经痛发作。血管搏动刺激：动脉血管有搏动性，不停地跳动，这种持续的搏动刺激会对三叉神经产生反复的机械性刺激。就像用外力不断刺激一个敏感的神经一样，久而久之，神经就会出现功能紊乱，引发疼痛症状。
神经损伤因素
外伤导致：头部受到外伤，比如车祸、摔倒等导致面部或头部受伤，可能会直接损伤三叉神经。如果外伤比较严重，影响到了三叉神经的结构和功能，就有可能引发三叉神经痛。例如，头部遭受撞击后，三叉神经周围的组织受到损伤，神经的传导功能受到破坏，从而引发疼痛。手术损伤：一些涉及头部、面部的手术，如颅底手术等，有可能在手术过程中不小心损伤到三叉神经。据临床观察，这类手术引起三叉神经痛的发生率虽然不是很高，但一旦发生，对患者的影响较大。手术中对三叉神经的直接操作或间接损伤，都可能导致神经的正常功能受损，引发疼痛。
其他潜在因素
神经变性：随着年龄的增加，三叉神经本身也可能发生一定程度的变性。神经纤维会出现退行性改变，髓鞘可能会有脱失等情况。当神经发生变性时，其传导信号的准确性受到影响，容易出现异常的电信号传导，从而引发三叉神经痛。一般来说，50岁以上人群三叉神经变性的发生率会逐渐升高，相应的三叉神经痛的发病风险也会增加。遗传因素：虽然遗传因素在三叉神经痛发病中所占比例相对较小，但有研究发现，部分三叉神经痛患者存在一定的家族聚集现象。如果家族中有亲属患有三叉神经痛，那么其他家庭成员患三叉神经痛的风险可能会比普通人略高一些。不过，具体的遗传机制还不是完全明确，可能是多个基因与环境因素共同作用的结果。