肛门直肠脓肿主要通过手术和药物等方法治疗。一般来说，手术是根治肛门直肠脓肿的主要方式，其中脓肿切开引流术是常见的手术方法，多数患者通过手术可有效缓解症状。
手术治疗方式
脓肿切开引流术： 这是治疗肛门直肠脓肿最常用的手术方式。医生会在脓肿波动最明显的部位进行切开，排出脓液。通常在局部麻醉下即可进行，适用于单纯性的肛门直肠脓肿。术后需要定期换药，保持创面清洁，促进愈合，一般创面愈合需要数周时间。一次性根治术： 对于部分复杂性肛门直肠脓肿，在脓肿切开引流的基础上，可同时进行一次性根治术。这种手术需要准确找到内口，将内口及感染的肛隐窝等病灶一并处理，避免脓肿复发。但该手术对医生的技术要求较高，术后恢复时间相对较长，一般需要1 - 2个月左右。
药物辅助治疗
抗生素治疗： 在手术前后常需要使用抗生素来控制感染。一般会根据脓液的细菌培养和药敏试验结果选择敏感抗生素。例如，若为革兰阴性菌感染，可能会选用头孢类抗生素等。抗生素的使用疗程一般为3 - 7天左右，但具体要根据患者的感染控制情况而定。止痛药： 对于肛门直肠脓肿引起的疼痛，可使用止痛药缓解症状。如非甾体类抗炎药，像布洛芬等，能起到抗炎、止痛的作用，但要注意有胃肠道疾病的患者使用时需谨慎，可能会引起胃肠道不适等不良反应。
日常护理注意事项
饮食方面： 患者术后应避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒等，这些食物可能会刺激肛门局部，加重不适。要多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜（芹菜、菠菜等）、水果（香蕉、苹果等），保持大便通畅，每天饮水量应保持在1500 - 2000毫升左右，有助于软化大便，减少对手术创面的刺激。肛周清洁： 要注意肛周的清洁卫生，每次便后可用温水清洗肛门，保持创面清洁，防止感染。可以使用温水坐浴，一般每天1 - 2次，每次15 - 20分钟，有助于促进局部血液循环，利于创面愈合，但要注意水温不宜过高，以免烫伤。