性交疼痛的原因较多，可能由多种因素引起。比如，女性方面，阴道炎是常见原因之一，约10% - 20%的女性可能因阴道炎出现性交疼痛，阴道炎会导致阴道黏膜充血、水肿，性交时摩擦刺激会引发疼痛；还有子宫内膜异位症，这也是导致女性性交疼痛的常见原因，异位的内膜组织在性交时受到刺激，可引起疼痛。
女性方面的原因
阴道炎导致：多种类型的阴道炎都可能引发性交疼痛，像细菌性阴道炎，是由于阴道内正常菌群失调引起的，除了性交疼痛，还可能有阴道分泌物增多、有鱼腥味等表现；霉菌性阴道炎则是由念珠菌感染所致，除性交痛外，常伴有外阴瘙痒、白带呈豆腐渣样等症状。子宫内膜异位症引发：异位的内膜可能出现在盆腔、卵巢等部位，在性交过程中，子宫收缩、碰撞异位病灶就会产生疼痛，而且这种疼痛可能会随着病情加重而逐渐明显，有的患者还会伴有月经异常、不孕等情况。
男性方面的原因
包皮过长或包茎：如果男性存在包皮过长，包皮口狭窄形成包茎，在性交时，过长的包皮可能会牵扯、刺激阴茎，导致疼痛。据统计，约5% - 10%的男性因包皮过长或包茎出现性交疼痛问题。另外，阴茎头炎也可能导致男性性交疼痛，阴茎头受到细菌、病毒等感染发炎时，性交摩擦会加重炎症刺激，引起疼痛，同时可能伴有阴茎头红肿、瘙痒等表现。
其他因素
心理因素影响：长期的焦虑、抑郁、紧张等不良心理状态，或者曾经有过不愉快的性经历，都可能导致性交疼痛。比如一些人因为过去的性创伤经历，在再次性交时会产生心理恐惧，进而引发身体上的性交疼痛反应。还有双方感情不和，在性交时也可能因为情绪因素导致身体肌肉紧张，出现疼痛情况。缺乏性知识：如果男女双方对性知识了解匮乏，性交时动作过于粗暴、姿势不当等，也容易引起性交疼痛。例如性交前准备不充分，阴道分泌液不足，就强行性交，会导致摩擦损伤而疼痛。