血吸虫病的症状因感染阶段不同而有所差异。急性期时，部分患者可能出现发热，热度多在38~40℃，可持续数周。
急性期症状
发热表现： 发热是急性期较常见的症状，体温波动较大，可呈间歇热或弛张热等。同时可能伴有畏寒、出汗等表现。胃肠道症状： 患者可能出现腹痛、腹泻，大便多为稀水样便，部分患者可有脓血便。还有可能出现咳嗽、胸痛等呼吸道症状，这是因为血吸虫幼虫移行至肺部引起的。
慢性期症状
消化系统症状： 多数患者会有慢性腹泻或黏液脓血便，每天数次不等。长期患病者可能出现乏力、消瘦、贫血等表现。肝脾肿大： 慢性血吸虫病患者中，肝脾肿大较为常见，早期肝脏肿大，质硬，表面平滑；随着病情进展，脾脏逐渐增大。
晚期症状
肝硬化表现： 患者会出现门静脉高压，表现为腹水、脾功能亢进、食管胃底静脉曲张等。腹水较多时，腹部膨隆。其他表现： 还可能出现消瘦、贫血、营养不良等情况，儿童患者可能会有生长发育障碍。晚期患者生活质量会明显下降，严重影响身体健康。
异位损害症状
肺型血吸虫病： 类似一般的支气管炎或肺炎表现，有咳嗽、咳痰、胸痛等症状，胸部X线检查可见点状或片状浸润阴影。脑型血吸虫病： 临床上可分为急性和慢性两型。急性脑型血吸虫病多在感染后6个月左右发病，表现为意识障碍、抽搐、偏瘫等；慢性脑型血吸虫病多见于慢性早期患者，以局限性癫痫发作较为常见。