办健康证一般会查梅毒。具体来说：
一、目前办理健康证通常会进行梅毒检查。在办理健康证明时，除了梅毒，还会检查HIV、丙型肝炎等。不过乙型肝炎可能不在办理健康证的检查范围内，但会检测丙型肝炎、戊型肝炎和甲型肝炎。因为甲肝和戊型肝炎是通过消化道传播的，所以是健康证的重点检测项目，而梅毒也是必须要检查的。如果是处于活动性的梅毒，那就不符合办理健康证的要求。但如果曾经患过梅毒，而现在临床上已经完全治愈了，是可以申请健康证的。
二、办理健康证检查的注意事项：办理健康证所需的检查项目一般包括五官、内科、外科、血液检查以及大便常规检查等，其中血液检查和大便常规检查比较常见，主要是为了排除乙肝、肠道等传染病。由于体检中有血液项目，所以体检当天一定要空腹。在检查前，不要熬夜、不要饮酒、不要吸烟以及不要吃油腻食物，以免对检查结果产生影响。
总之，办理健康证会涉及梅毒等项目的检查，同时要注意相关的检查事项以确保检查结果的准确性。