三个月婴儿牙龈上有白色疙瘩，可能是以下原因引起：
1.马牙：马牙是由上皮细胞堆积或黏液腺分泌物积留形成，通常在出生后数周或数月内会自然消退，不需要特殊处理。
2.鹅口疮：由真菌感染引起，表现为口腔黏膜出现白色斑块，不易擦掉。患儿会因疼痛而拒绝吃奶，有时还会伴有低热。治疗上可使用弱碱性溶液，如2%碳酸氢钠清洗口腔，局部涂抹制霉菌素混悬剂等。
3.牙龈炎：可能与局部刺激或感染有关，如不注意口腔卫生、啃咬玩具等。患儿可能会出现牙龈红肿、疼痛等症状。保持口腔清洁，饭后漱口，可在医生指导下使用抗生素治疗。
4.其他：牙龈上的白色疙瘩还可能是口腔黏膜白斑、角化症等疾病的表现。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况需要医生进行详细的检查和诊断。如果家长发现婴儿牙龈上有白色疙瘩，应及时带孩子就医，以便明确原因并采取适当的治疗措施。同时，在日常生活中，要注意保持婴儿的口腔清洁，避免使用粗糙的布擦拭口腔，以免损伤黏膜。