早上起来肚子会痛可能由生理因素、肠道菌群失调、急性肠胃炎等引起，需及时到正规医院检查。
一、生理因素：主要是由于腹部受凉、受风等导致。这种情况通常无需特殊治疗，只要注意腹部保暖，避免腹部再次受凉、受风就能缓解。
二、肠道菌群失调：一般还会伴有便秘、腹泻等表现。可在医生指导下使用以下药物进行治疗。
1.复方嗜酸乳杆菌片：有助于调节肠道菌群平衡。
2.黄连素片：能起到一定的止泻等作用。
三、急性肠胃炎：通常还伴有呕吐、腹胀、恶心、腹泻等症状。患者可在医生指导下使用如下药物治疗。
1.双歧杆菌活菌胶囊：可改善肠道内环境。
2.左氧氟沙星片：有抗炎杀菌的效果。
3.盐酸洛哌丁胺胶囊：能缓解腹泻症状。
此外，还可能是胃溃疡导致，往往还伴有反酸、烧心等症状，建议患者及时到正规医院排查风险。
总之，早上起来肚子疼的原因多样，要根据具体情况采取相应的措施，必要时应及时就医诊治。