多囊卵巢综合征的病因目前尚未完全明确，但一般认为与以下因素有关。目前研究发现，大约50% - 70%的多囊卵巢综合征患者存在胰岛素抵抗现象。
遗传因素：
家族遗传倾向： 多囊卵巢综合征具有一定的家族聚集性，如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合征，那么其他女性成员患病的风险会相对增加。例如，母亲患有多囊卵巢综合征，其女儿患病的几率比正常人群要高很多。基因层面： 已经发现一些特定的基因变异与多囊卵巢综合征的发生相关，不过具体的基因作用机制还在进一步研究中，但可以确定遗传因素在其中起到了重要作用。
内分泌失调：
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴功能紊乱： 正常情况下，下丘脑分泌促性腺激素释放激素，刺激垂体分泌促卵泡生成素和促黄体生成素，来调节卵巢的功能。而在多囊卵巢综合征患者中，这种调节机制出现紊乱，促黄体生成素相对过高，促卵泡生成素相对不足，导致卵巢不能正常排卵，进而出现一系列症状。雄激素水平异常： 患者体内雄激素水平升高，会出现多毛、痤疮等表现，同时雄激素过高还会影响卵泡的发育，导致卵泡难以成熟排出，进一步加重多囊卵巢的状况。
生活方式因素：
饮食不均衡： 长期高热量、高脂肪、高糖的饮食，会使身体肥胖，而肥胖又是多囊卵巢综合征的一个重要危险因素。比如，每天摄入过多油炸食品、甜食等，会影响身体的代谢功能，增加患病风险。缺乏运动： 运动量过少的人，身体代谢减缓，容易出现肥胖，也会干扰内分泌系统，增加多囊卵巢综合征的发病几率。例如，长期久坐不运动的人群，相比经常运动的人，患多囊卵巢综合征的可能性更高。