扁平疣患者可在医生指导下通过多种方法去除，主要包括药物治疗、手术治疗、物理治疗。
一、药物治疗：
患者一定要在医生的指导下合理用药，切不可自行用药。比较常用的药物有：水杨酸，其能起到一定的剥脱作用；维A酸软膏，有助于调节表皮角化；干扰素凝胶，可发挥抗病毒功效；咪喹莫特乳膏，能刺激机体免疫反应；氟尿嘧啶软膏，对扁平疣有一定疗效。
二、手术治疗：
这是通过将自体疣植入皮下脂肪层的方式来进行治疗，其原理是刺激机体释放细胞因子，进而产生抗病毒抗体以清除表皮上的人乳头瘤病毒，这样能显著降低复发率，就如同疫苗接种一般。
三、物理治疗：
主要适用于扁平疣数目较少的情况，包含冷冻治疗，利用低温使疣体组织坏死脱落；电灼治疗，通过电流烧灼疣体；刮除术，直接刮除疣体；激光治疗，利用激光能量破坏疣体组织。
总之，扁平疣患者应根据自身具体情况，在医生指导下选择合适的治疗方法，以达到较好的去除效果并降低复发风险。