植发虽然能改善毛发状况，但也存在一些弊端。一般来说，植发可能存在约10% - 20%的毛发存活率波动情况。
术后恢复相关弊端
肿胀与疼痛：植发后手术区域可能会出现肿胀，通常在术后1 - 2天较为明显，同时也可能伴有一定程度的疼痛，不过多数人在一周左右能逐渐缓解，但也有个别人疼痛持续时间稍长。头皮创伤：植发是通过提取自身毛囊再种植，这会对头皮造成一定创伤，虽然创伤不大，但仍存在感染风险，如果护理不当，可能引发头皮炎症。
效果方面的弊端
效果不理想：并不是所有人植发后都能达到完全满意的效果，有可能出现植发区域毛发分布不均匀的情况，比如有的地方毛发过于稀疏，和预期的茂密效果有差距。另外，新植的毛发可能在生长初期生长状态不够稳定，可能出现脱落反复的情况，影响最终呈现的效果。
费用与时间成本弊端
费用较高：一般植发的费用根据种植的毛囊数量不同有差异，通常一次植发手术可能需要数千元甚至上万元，如果需要多次植发来达到理想效果，总的费用会比较可观。时间周期长：植发后毛发的生长是一个渐进的过程，通常需要几个月甚至更长时间才能看到较为明显的效果，在这个等待过程中需要持续关注毛发的生长情况，并且要按照医生要求进行定期护理，耗费较多时间和精力。