肾绞痛主要是由于尿路结石引起的，约90%的肾绞痛是由肾结石或输尿管结石导致的。当结石在肾脏或输尿管内移动时，会刺激尿路黏膜，引起强烈的痉挛性疼痛。
结石成因相关因素
尿液成分异常：
尿液中某些物质浓度过高，就容易形成结石。比如尿液中钙、草酸、尿酸等物质含量过高。正常情况下，尿液中各种成分处于平衡状态，但如果饮水过少，尿液浓缩，就会使这些物质浓度升高。据统计，每天饮水量少于1500毫升的人，患尿路结石的风险会明显增加。
尿路梗阻：
尿路存在狭窄、畸形等情况时，会导致尿液排出受阻。像先天性肾盂输尿管连接部狭窄，会使尿液在肾脏内积聚，进而容易形成结石。另外，前列腺增生也可能引起尿路梗阻，在中老年男性中较为常见，前列腺增生会压迫尿道，影响尿液排出，增加结石形成的几率。
感染因素：
尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使结石形成。例如变形杆菌感染时，细菌产生的尿素酶会分解尿液中的尿素，使尿液碱化，导致磷酸镁铵和磷酸钙沉积形成结石。而且感染还会引起尿路黏膜的损伤，为结石的形成创造条件。