十三岁男孩睾丸疼可能与生理性原因有关，也可能与细菌感染、病毒感染、睾丸扭转等病理性原因相关。家长应及时带其就医以明确具体原因。
一、生理性原因：
十三岁男孩处于发育过程中，其生殖系统可能受体内雄激素水平波动影响。雄激素可促进睾丸发育，此时睾丸在雄激素刺激下可能出现轻微疼痛，通常不会伴有局部红肿、疼痛等表现。
二、病理性原因：
1.细菌感染：
当细菌侵入睾丸后，可引发细菌性睾丸炎、附睾炎。在炎症刺激下，会导致十三岁男孩患侧睾丸出现红、肿、热、痛症状，疼痛可向腹股沟部放射。炎症严重时还可能刺激体温调节中枢，引起发热等全身症状。具体如下：
(1)睾丸炎：睾丸会有明显的红肿热痛。
(2)附睾炎：除了睾丸疼痛，附睾也会有相应症状。
2.病毒感染：
若病毒感染十三岁男孩的睾丸，导致病毒性睾丸炎、附睾炎等。在病毒侵袭下，可能使局部黏膜产生炎症因子，炎症因子刺激睾丸，产生睾丸疼、肿胀等症状，疼痛也可向腹股沟区域放射，常伴有阴囊皮肤红肿和阴囊内鞘膜积液等情况。
3.睾丸扭转：
十三岁男孩的睾丸若发生扭转，由于睾丸血液回流受阻会造成血液淤积，血液淤积会导致局部充血、肿胀，进而刺激局部神经，出现较为剧烈的睾丸疼，且疼痛呈持续性。一般睾丸扭转在发生的6小时内进行纠正可以得到恢复，超过6个小时便可能造成睾丸坏死。
总之，当十三岁男孩出现睾丸疼时，家长一定要高度重视，尽快带孩子就医，通过相关检查明确原因，并采取针对性的治疗措施，以免延误病情导致不良后果。