三个月宝宝大便有泡沫，可能是以下原因引起：
1.消化不良：宝宝消化系统尚未发育成熟，若喂食不当，导致食物在胃肠道内发酵，产生气体，就会出现大便有泡沫的情况。
2.腹部受凉：宝宝腹部受凉，胃肠道蠕动加快，也会导致大便有泡沫。
3.乳糖不耐受：宝宝乳糖酶缺乏或活性降低，无法完全消化母乳或牛乳中的乳糖，就会导致大便有泡沫。
4.肠道感染：若宝宝肠道受到细菌、病毒等感染，也会导致大便有泡沫，同时还可能伴有腹泻、呕吐、发热等症状。
5.其他：宝宝食用了过多的淀粉类食物，或哭闹时吸入过多空气，也可能导致大便有泡沫。
如果宝宝除了大便有泡沫外，没有其他异常表现，可以先观察。若宝宝大便有泡沫的同时，还伴有其他异常症状，或症状持续不缓解，建议及时就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。