面肌痉挛主要是由血管压迫面神经根部引起的，约80% - 90%的面肌痉挛是由于面神经出脑干区被异常走行的血管压迫所致。比如小脑上动脉、小脑前下动脉等血管，长期压迫面神经，导致面神经传导异常，从而引发面肌痉挛。
血管压迫因素
动脉压迫： 小脑上动脉是最常见的压迫血管，约占80%左右。它通常在面神经根部形成压迫，随着年龄增长，血管可能发生迂曲、硬化，对神经的压迫就会逐渐加重，进而诱发面肌痉挛。静脉压迫： 静脉压迫相对动脉压迫少见一些，但也可能导致面肌痉挛，比如岩静脉等静脉对面神经根部的压迫。
面神经发育异常因素
先天性发育： 部分人存在面神经先天性发育异常，比如面神经髓鞘发育不全等情况，这会使面神经的稳定性下降，更容易受到各种因素的影响而出现异常放电，从而引发面肌痉挛。一般这种先天性发育异常在出生时就存在，但可能在成年后才逐渐表现出症状。
其他少见因素
肿瘤因素： 极少数情况下，面神经附近的肿瘤，如听神经瘤、胆脂瘤等，也可能压迫面神经，导致面肌痉挛。不过这种情况发生的概率非常低，大约占面肌痉挛病因的1%以下。遗传因素： 虽然面肌痉挛的遗传因素相对不那么突出，但有研究发现，少数家族中可能存在面肌痉挛的遗传倾向。不过目前具体的遗传机制还不是非常明确，相关的遗传概率大约在5%左右的家族聚集性。