克罗恩病的病因目前尚未完全明确，可能是多种因素共同作用导致的。目前认为遗传因素占比较重要的地位，据研究，约10% - 20%的克罗恩病患者有家族史，遗传易感性在其发病中起到一定作用。
遗传因素方面
家族聚集性： 如果家族中有亲属患有克罗恩病，那么其他家族成员患病的风险会比普通人群高。有数据显示，一级亲属（父母、子女、兄弟姐妹）中有克罗恩病患者的人，患病风险比一般人群高5 - 10倍。基因相关： 已经发现了一些与克罗恩病相关的基因位点，这些基因可能影响肠道的免疫反应、肠道屏障功能等，从而增加患克罗恩病的可能性。
免疫因素方面
免疫系统异常： 人体的免疫系统在克罗恩病的发病中起着关键作用。肠道内的免疫系统可能被异常激活，导致肠道持续的炎症反应。例如，肠道中的淋巴细胞等免疫细胞会被错误地激活，释放出多种炎症因子，如肿瘤坏死因子 - α等，这些炎症因子会引起肠道黏膜的炎症、溃疡等病变。自身免疫反应： 机体的自身免疫反应可能将肠道内的正常组织当作外来异物进行攻击，破坏肠道的正常结构和功能，进而引发克罗恩病。比如，肠道黏膜的上皮细胞等可能被自身抗体攻击，导致肠道出现炎症性改变。
环境因素方面
饮食因素： 一些研究发现，饮食结构的改变可能与克罗恩病的发病有关。比如，高脂、高蛋白饮食可能会增加肠道的负担，影响肠道菌群的平衡，从而增加患病风险。另外，吸烟也被认为是一个重要的环境危险因素，吸烟者患克罗恩病的风险比不吸烟者高，而且吸烟还可能会使病情加重，影响治疗效果。感染因素： 某些病原体感染可能与克罗恩病的发病相关。虽然还没有明确是哪种特定病原体直接导致克罗恩病，但一些研究提示，肠道内的某些细菌、病毒等感染可能会触发肠道的免疫反应，进而引发慢性炎症，最终导致克罗恩病的发生。例如，一些肠道细菌的异常定植或感染可能会打破肠道的免疫平衡。