上厕所时肛门流血的处理需依据病因来选择，常见病因包括肛裂、痔疮以及直肠癌等，相应的治疗办法有保守治疗与手术治疗等。
一、肛裂：这是由于肛管皮肤全层纵行裂开而形成小溃疡。其主要表现为排便时疼痛以及出血。在初期阶段，可以通过药物保守治疗并注重饮食习惯来处理；但如果长期不能愈合，那就需要进行手术治疗。
1.保守治疗：通过使用合适的药物来缓解症状，同时调整饮食结构，增加膳食纤维的摄入，保持大便通畅。
2.手术治疗：对于保守治疗无效且肛裂长期不愈的情况，手术是必要的手段，以促进裂口愈合。
二、痔疮：是肛管或直肠下段静脉充血、肿大所导致。排便时多有出血、疼痛、肛门瘙痒、脱垂等症状。痔疮一般保守用药效果较好，然而若长期排便出血且用药效果不佳时，可行手术治疗。
1.保守治疗：使用痔疮膏等药物，并且注意避免久坐久站，养成良好的排便习惯。
2.手术治疗：当保守治疗不理想时，手术可有效解决痔疮问题，改善症状。
三、直肠癌：这是原发于直肠粘膜上皮的恶性肿瘤，早期常无症状，当肿瘤增大至中晚期时，每次大便都会导致出血，并且伴有大便性状的改变。直肠癌无法通过保守治疗解决，需要尽早进行手术切除。
总结提示：肛门流血问题不容小觑，需准确判别病因后采取针对性的治疗措施，以保障身体健康。