肛门内痛可能由多种原因引起。比如肛裂，这是导致肛门内痛比较常见的原因之一，通常是因为大便干结，排便时撑裂肛管皮肤，会有明显的刺痛感，尤其是在排便时和排便后。
肛肠疾病导致
痔疮： 内痔脱出嵌顿或者外痔发炎时，会引起肛门内痛。例如，Ⅲ度以上的内痔容易脱出肛门外，若不能及时回纳，就会导致局部血液循环障碍，出现肿胀、疼痛。而外痔发炎时，会有肛门坠胀、疼痛的感觉，尤其在行走、久坐等压迫到肛门时更明显。肛周脓肿： 肛门周围软组织发生化脓性感染形成脓肿，会出现持续的肛门内胀痛，而且疼痛会逐渐加重，还可能伴有局部红肿、发热，严重时会有全身发热、乏力等症状。一般脓肿形成后，需要及时就医处理。
肠道炎症引发
直肠炎： 多种原因可引起直肠炎症，如细菌感染、溃疡性结肠炎累及直肠等。直肠炎患者会有肛门内隐痛、坠胀感，还可能伴有腹泻、便血等症状。例如，细菌性直肠炎多是由于进食不洁食物后引发，会出现腹痛、腹泻，肛门内也会有明显的不适。结肠炎： 像慢性结肠炎，炎症刺激肠道，也可能放射到肛门部位，导致肛门内疼痛，同时伴有腹痛、腹泻、黏液便等表现，病情容易反复发作。
其他原因影响
肛门异物： 如果有异物误入肛门内，比如儿童玩耍时将小物件塞进肛门，或者肛门手术中遗留纱布等异物，都会引起肛门内剧烈疼痛，还可能伴有出血等情况。神经官能症： 少数人可能因为精神因素，如长期焦虑、紧张等，导致肛门神经功能紊乱，出现肛门内疼痛，但这种疼痛往往没有明显的器质性病变，疼痛程度可能时轻时重，还可能伴有焦虑、失眠等其他神经官能症的表现。