宫颈囊肿通常是宫颈的生理性变化，一般不需要特殊治疗。但如果伴有炎症等情况，可能需要相应处理。对于无症状的宫颈囊肿，定期复查即可，一般1 - 2年做一次妇科检查及宫颈筛查。
生理性宫颈囊肿的情况
无需特殊干预： 宫颈囊肿大多数是宫颈转化区鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿。这种生理性的宫颈囊肿通常没有明显症状，也不会对身体造成危害，一般不需要治疗，只要定期进行妇科检查，观察囊肿的变化情况就可以。
伴有炎症时的治疗
药物治疗炎症： 如果宫颈囊肿伴有宫颈炎等炎症情况，可能需要使用药物来控制炎症。比如存在细菌感染时，可能会使用一些抗生素类药物，不过具体用药需根据感染的病原体来定。但药物主要是针对炎症，对于囊肿本身并没有直接消除囊肿的作用，只是控制炎症相关症状。物理治疗： 当囊肿较大或伴有不适症状时，可采用物理治疗方法。例如激光治疗，利用激光的能量破坏囊肿的囊壁，使囊液流出，从而达到治疗目的。一般治疗后要注意保持外阴清洁，避免感染，在创面愈合期间（通常需要2 - 4周）避免性生活、盆浴和阴道冲洗等。另外还有冷冻治疗，通过低温使囊肿组织坏死脱落，进而达到治疗效果。不过物理治疗也有一定的注意事项，治疗后可能会出现阴道分泌物增多，甚至有少量出血等情况，一般会逐渐恢复。
手术治疗情况
极少情况需手术： 极少数情况下，如宫颈囊肿合并其他严重宫颈病变或者囊肿非常巨大影响生活等，可能需要手术治疗。但手术属于有创操作，相对来说比较少用。比如采用宫颈腺囊肿造口术，在消毒外阴、阴道、宫颈后，用穿刺针穿刺囊肿，放出囊液，然后对囊壁进行处理等。不过手术治疗要严格掌握适应证，术后也需要注意休息和护理，预防感染等并发症。