牙齿反合的治疗方法需根据不同情况选择，一般儿童乳牙期反合可在3~5岁进行早期矫正，通过佩戴简单的活动矫正器等方式，疗程相对较短。
早期矫正干预
乳牙期反合： 对于3~5岁的儿童乳牙反合，可采用活动矫正器进行矫正。这种矫正器制作相对简单，佩戴后能对牙齿施加适当的力量，引导牙齿向正常方向生长。一般来说，经过几个月的佩戴可能会看到明显效果，但具体时间因个体差异有所不同。替牙期反合： 在替牙期出现反合时，可根据情况选择功能性矫正器。功能性矫正器能利用肌肉的功能活动引导牙齿和颌骨的生长发育，通常需要佩戴数月，一般1~2年左右可能会有较好的矫正效果，能改善上下牙齿的咬合关系。
固定矫正器矫正
恒牙期反合： 当进入恒牙期后，若反合情况较为严重，多会采用固定矫正器。固定矫正器通过黏结剂将矫正装置固定在牙齿上，通过弓丝等部件对牙齿施加持续的力量来移动牙齿。矫正疗程相对较长，一般需要1~3年左右，具体时间取决于反合的严重程度和牙齿移动的情况。例如，轻度的恒牙期反合可能1年左右能矫正过来，而严重的可能需要2~3年。
外科手术矫正
严重骨性反合： 对于一些因骨骼发育异常导致的严重骨性反合，可能需要进行外科手术矫正。这种情况相对较少见，一般是在生长发育完成后进行。手术需要将颌骨截断并重新排列，以达到正常的咬合关系。手术风险相对较高，术后恢复也需要一定时间，一般术后还需要配合一段时间的矫正来巩固效果。手术的费用相对较高，大概在数万元不等，具体费用因地区、医院等因素有所差异。