植发手术也存在一些坏处。一般来说，植发手术可能存在感染风险，感染概率大约在1% - 5%左右，如果术后护理不当，就容易引发局部感染，出现红肿、疼痛加剧等情况。
术后恢复相关坏处
植发区域肿胀： 植发后通常会有一定程度的肿胀，一般需要1 - 2周才能逐渐消退，但有些人肿胀时间可能会更长，影响外观和日常生活。取发区不适： 从后枕部取毛囊的区域可能会有疼痛、麻木等感觉，这种不适可能会持续数周甚至更久，不过大多会逐渐缓解，但也有个别人可能长时间存在不适感。
植发效果方面的坏处
植发不均匀： 虽然现在植发技术比较成熟，但仍有一定概率出现植发区域毛发分布不均匀的情况，可能需要二次修复手术来改善，二次修复又会带来新的风险和恢复时间。毛发成活率问题： 并不是所有移植的毛囊都能成功存活，一般毛囊成活率能达到80% - 90%左右，但仍有部分毛囊可能坏死，导致植发效果不理想，需要再次植发来弥补。
费用与时间成本坏处
费用较高： 一次植发手术的费用通常不低，一般从几千元到上万元不等，对于一些经济条件一般的人来说是不小的负担，如果植发效果不佳需要二次修复，费用会进一步增加。需要时间等待： 植发后需要经历毛囊的存活、生长等过程，一般需要3 - 6个月才能看到初步的植发效果，完全恢复自然可能需要更长时间，在这个等待过程中可能会让人有心理上的焦虑等情况。