近视眼手术有一定风险，但并非绝对“危害大”。一般来说，正规手术的安全性较高，但也存在一些可能的情况。比如，术后可能出现干眼症，据统计，约10% - 30%的患者在近视眼手术后会有不同程度的干眼症状，表现为眼睛干涩、异物感等。
术后视力回退问题
部分人群可能出现：一般来说，18岁以下近视度数不稳定的人群，术后有一定概率出现视力回退情况。因为青少年身体还在发育，眼轴可能继续增长，从而导致近视度数再次出现。高度近视人群需注意：高度近视（近视度数大于600度）患者做近视眼手术，视力回退的风险相对普通近视人群要高一些。
感染相关风险
术前准备不充分易感染：如果在近视眼手术前眼部有炎症，比如结膜炎、角膜炎等，没有得到有效控制就进行手术，就容易引发术后感染。一般来说，术前医生会严格筛查眼部健康状况，降低这种风险，但仍有极小概率发生。术后护理不当增加风险：术后如果不按照医生要求护理眼睛，比如用手揉眼、污水进入眼睛等，也可能增加感染的可能性。通常医生会告知患者术后要注意眼部卫生，避免感染。
夜间视力问题
部分人会出现眩光等：有些患者在近视眼手术后，尤其是在夜间或光线较暗的环境下，可能会出现眩光、夜视力下降的情况。大约有5% - 10%的患者会有不同程度的此类症状，不过多数人随着时间推移会逐渐适应。与手术方式有关：不同的近视眼手术方式，出现夜间视力问题的概率也有所不同。比如全飞秒手术相对来说，出现夜间视力问题的概率可能比半飞秒手术稍低，但也不是绝对的。