女生上厕所小便痛可能是由以下原因引起的：
1.尿路感染：女性的尿道较短且直，容易受到细菌感染。憋尿、性生活不洁、个人卫生习惯不良等都可能导致尿路感染，引起尿痛、尿急、尿频等症状。可在医生的指导下使用抗生素进行治疗，如阿莫西林、头孢呋辛酯等。
2.膀胱炎：膀胱是储存尿液的器官，膀胱炎会导致膀胱炎症，引起尿频、尿急、尿痛等症状。除了药物治疗，还需要注意休息，多饮水，保持尿路通畅。
3.尿道炎：尿道炎是尿道黏膜的炎症，可由细菌、支原体、衣原体等感染引起。除了尿痛，还可能伴有尿道口红肿、分泌物增多等症状。治疗方法与膀胱炎相似。
4.尿路结石：尿路结石可导致尿路梗阻，引起排尿不畅、尿痛等症状。较小的结石可以通过多饮水、运动等方式自行排出，较大的结石可能需要进行体外冲击波碎石或手术治疗。
5.妇科炎症：女性生殖系统与泌尿系统相邻，一些妇科炎症如阴道炎、宫颈炎等，可能会蔓延至尿路，引起尿痛。治疗妇科炎症是解决问题的关键。
6.尿道口息肉、肿瘤：尿道口息肉、肿瘤等也可能导致小便疼痛，需要进行相关检查以明确诊断。
如果出现小便疼痛的症状，建议及时就医，进行相关检查，如尿液常规、超声等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意个人卫生，多喝水，避免憋尿，保持尿路通畅。