新生儿脐炎通常可使用碘伏、莫匹罗星软膏等药物来处理。一般来说，通过规范用药大多能较好改善症状。
局部清洁消毒用药
碘伏消毒： 可用无菌棉签蘸取碘伏，每天2 - 3次对新生儿脐部进行擦拭消毒。碘伏具有广谱杀菌作用，能有效杀灭常见的细菌、真菌等病原体，帮助清洁脐部，防止感染进一步加重。过氧化氢溶液冲洗： 若脐部有较多脓性分泌物时，可先用3%的过氧化氢溶液进行冲洗。过氧化氢溶液会释放出氧气，有清洁创面、杀菌除臭的作用，但使用后需再用生理盐水冲洗干净，避免残留对皮肤产生刺激。
外用抗感染药物
莫匹罗星软膏： 这是一种局部外用的抗生素软膏，适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染。当新生儿脐炎有明显的红肿、渗出等细菌感染表现时，可在脐部清洁消毒后，薄涂一层莫匹罗星软膏，抑制细菌生长，促进炎症消退。使用时要注意避免药膏进入新生儿眼睛等敏感部位。红霉素眼膏： 也可用于新生儿脐炎的抗感染治疗。红霉素属于大环内酯类抗生素，对多种细菌有抗菌活性。同样是在脐部清洁后，取适量眼膏涂抹在脐部周围，起到抗感染的作用。
特殊情况用药注意
如果新生儿脐炎情况较为严重，出现发热等全身症状，可能需要遵医嘱口服或静脉使用抗生素，但这类情况相对较少见。在使用任何药物时，都要严格按照医生的指导进行，密切观察新生儿脐部的变化以及全身情况。同时，要注意保持脐部的干燥清洁，在给新生儿换尿布等操作时，要避免尿液、粪便等污染脐部，影响恢复。