牙周炎目前并没有所谓的“特效药”，但可以通过一些药物来控制炎症、辅助治疗。常见的用于牙周炎辅助治疗的药物有抗菌药物等。比如甲硝唑，它属于硝基咪唑类抗菌药物，能抑制厌氧菌生长，对牙周炎相关的厌氧菌有一定的抑制作用；还有阿莫西林，属于青霉素类抗生素，可用于杀灭部分引起牙周炎的细菌。不过药物的使用需要在医生指导下进行。
抗菌药物类
甲硝唑： 主要针对厌氧菌，能抑制细菌的DNA合成，从而起到杀菌作用，可辅助治疗牙周炎，但孕妇及哺乳期妇女禁用，有中枢神经系统疾病者也需慎用。阿莫西林： 属于广谱抗生素，能干扰细菌细胞壁的合成，对多种引起牙周炎的细菌有杀灭作用，不过对青霉素过敏者不能使用。
局部用药类
米诺环素凝胶： 是一种局部用的抗菌药物，直接作用于牙周袋内，能持续释放药物，抑制牙周致病菌，一般在牙周基础治疗后局部使用，不良反应相对较少，但个别患者可能出现局部刺激症状。碘甘油： 有杀菌、收敛、消炎的作用，可涂抹在牙龈沟内，缓解牙周炎引起的牙龈红肿、出血等症状，对碘过敏者禁用。
抗炎类药物
布洛芬： 属于非甾体抗炎药，能通过抑制前列腺素的合成来减轻炎症反应带来的疼痛，当牙周炎引起明显疼痛时可短期使用，但有消化道溃疡、出血病史者要慎用。泼尼松龙： 属于糖皮质激素，在重度牙周炎等特殊情况下，医生可能会短期使用来减轻炎症反应，但长期使用可能会有较多副作用，如骨质疏松、血糖升高等，需严格掌握适应证和剂量。牙周炎的治疗不能仅依赖药物，还需要结合牙周基础治疗，如洗牙、龈下刮治等。同时，患者自身要保持良好的口腔卫生习惯，每天早晚正确刷牙，使用牙线等辅助清洁工具，这样才能更好地控制牙周炎的发展。