怀孕48天有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕初期，胚胎着床不稳定，过度劳累、性生活、剧烈运动等可能导致先兆流产，出现褐色分泌物。此外，胚胎染色体异常、孕妇患有全身性疾病等也可能导致先兆流产。如果出现褐色分泌物，同时伴有阵发性下腹痛或腰背疼痛，应及时就医，医生一般会建议进行保胎治疗，常用的保胎药物有黄体酮胶囊、地屈孕酮片等。
2.宫外孕：受精卵在子宫体腔以外的部位着床称为宫外孕，以输卵管妊娠最常见。宫外孕时，胚胎发育不良，随着孕囊的生长，会导致输卵管破裂，引起腹腔内出血，血液积聚在子宫直肠陷凹，刺激直肠后会出现肛门坠胀感。宫外孕还可能导致停经后阴道少量出血，常为点滴状，深褐色，量少，不超过月经量。如果怀孕48天，出现褐色分泌物，同时伴有一侧下腹部隐痛或酸胀感，应及时就医，进行B超检查，以明确是否为宫外孕。一旦确诊宫外孕，应尽早治疗，可采用药物杀胚或手术治疗。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性滋养细胞疾病，病因尚不清楚，可能与营养状况、年龄、病毒感染、内分泌失调等有关。葡萄胎的典型症状是停经后阴道流血，多为间歇性少量出血，可反复多次，血液可呈暗红色，量多少不定。如果怀孕48天，出现褐色分泌物，应及时就医，进行B超检查，以明确诊断。一旦确诊葡萄胎，应尽早清宫，术后定期复查血HCG，直至降至正常水平。
4.宫颈息肉：宫颈息肉是慢性宫颈炎的一种表现，是宫颈管腺体和间质的局限性增生，并向宫颈外口突出形成息肉。息肉质地脆弱，触碰后容易出血，常表现为性生活后或妇科检查后阴道出血。如果怀孕48天，出现褐色分泌物，同时伴有白带增多、发黄、有异味等症状，应及时就医，进行妇科检查，以明确诊断。如果确诊为宫颈息肉，可在医生的指导下进行息肉摘除术，并送病理检查。
5.其他：怀孕48天有褐色分泌物，还可能与阴道炎、宫颈炎、前置胎盘、胎盘早剥等有关。
总之，怀孕48天有褐色分泌物，可能是正常的，也可能是异常的，需要及时就医，进行相关检查，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免劳累，禁止性生活，保持外阴清洁，遵医嘱按时产检。