卵巢囊肿的治疗需根据囊肿性质、大小等因素综合判断，一般直径小于5厘米且无症状的生理性囊肿，有自行消失可能，可定期复查，观察2~3个月经周期，多数能自行消退。而对于病理性囊肿，治疗方式有所不同。
生理性囊肿如何处理
观察等待： 生理性卵巢囊肿常见于排卵期后形成的黄体囊肿等，这类囊肿通常直径多在5厘米以内，一般不需要特殊治疗，只要定期复查妇科超声即可，一般建议间隔1~3个月复查，观察囊肿大小变化。比如在月经干净后复查，看囊肿是否缩小或消失。生活方式调整： 保持良好的生活作息，避免熬夜，适度运动，增强身体免疫力，有助于身体的自我调节，可能对生理性囊肿的消退有一定帮助，但这不能替代定期复查。
病理性囊肿的手术治疗
腹腔镜手术： 这是常用的手术方式，具有创伤小、恢复快的优点。对于直径较大（一般大于5厘米）持续存在的病理性囊肿，尤其是怀疑有恶变可能的囊肿，可考虑腹腔镜下囊肿剔除术。手术时间一般较短，术后住院时间通常在3~7天左右。开腹手术： 当囊肿情况复杂，如与周围组织粘连严重、囊肿巨大等，可能需要开腹手术。开腹手术创伤相对较大，术后恢复时间较长，一般住院时间在7~10天左右。
药物治疗的情况
激素类药物： 对于一些因内分泌失调引起的卵巢囊肿，可能会使用激素类药物进行调节。比如短效避孕药，可调节内分泌，抑制囊肿生长，但一般需要连续服用3~6个月，且要在医生指导下使用，服药期间需注意可能出现的副作用，如恶心、乳房胀痛等。针对性药物： 如果是炎症引起的卵巢囊肿，可能会使用抗生素类药物进行抗炎治疗，但药物治疗一般作为辅助手段，单纯药物治疗往往难以彻底消除囊肿，多是配合手术等治疗方式一起使用。