怀孕50天的孕囊大小通常在2-3cm左右，但会因女性月经周期不同、排卵时间差异而有区别。
一、孕囊大小标准：
一般来说，女性怀孕50天时，孕囊的标准大小大概在2-3cm左右。到怀孕7周左右，孕囊的生长速度较快，通过其大小可推算孕产期等。
二、月经周期影响：
有的女性自身月经周期不准确，导致排卵时间延后，这样在检查时就可能看到孕囊偏小一些，比如孕囊个头低于2cm，但只要检查结果正常，大多不会对胎儿健康有影响，不必过于担心，只需定期复查就行。
总之，怀孕50天的孕囊大小会受多种因素影响，要结合具体情况进行分析判断。