胆管扩张的原因主要有先天性和后天性等因素。先天性因素中，先天性胆管发育异常较为常见，比如胚胎期胆管发育过程中，胆管壁的平滑肌和弹力纤维发育不良，就可能导致胆管扩张，这种情况在一些先天性胆道疾病中较为突出。
先天性因素导致的胆管扩张
胆道系统发育畸形： 在胚胎发育的第5 - 10周时，胆道系统的发育出现异常，就可能引发胆管扩张。例如，胆总管远端梗阻，使得近端胆管扩张形成囊性或梭形的扩张形态。这种先天性的发育畸形往往在出生后就可能存在相关表现，但有时可能在儿童期甚至成年后才被发现。遗传因素相关： 部分胆管扩张病例具有一定的遗传倾向。研究发现，某些基因的突变可能与胆管扩张的发生有关。如果家族中有胆管扩张的病史，那么家族成员患胆管扩张的风险可能会相对增高，但具体的遗传模式还在进一步研究中。
后天性因素导致的胆管扩张
胆管结石引起： 胆管内如果有结石形成，结石长期刺激胆管壁，会导致胆管壁的炎症反应和纤维组织增生，进而引起胆管扩张。当胆管内的结石阻塞胆管时，胆汁排出受阻，近端胆管压力升高，逐渐扩张。比如，胆管内的胆固醇结石、胆红素结石等都可能引发这种情况。胆管炎症导致： 反复的胆管炎症，如胆管炎反复发作，会使胆管壁受损，出现纤维化、狭窄等改变，为了克服狭窄部位的阻力，胆管近端会逐渐扩张。像细菌感染引起的胆管炎，如果没有得到及时有效的治疗，长期反复炎症刺激就可能导致胆管扩张。胆道寄生虫感染： 比如华支睾吸虫感染，华支睾吸虫寄生在胆管内，会引起胆管的炎症、阻塞，从而导致胆管扩张。在一些流行地区，由于饮食卫生等原因，华支睾吸虫感染较为常见，进而增加了胆管扩张的发生风险。