三岁男孩生殖器红肿需要依据不同情况予以治疗，可能是包皮过长、龟头炎或者尿路感染导致。其治疗办法包括适当清洗、服用药物等。具体如下：
一、包皮过长：
1.三岁宝宝包茎过长通常无需特殊处理，因为三岁以内属于生理性包茎过程，无需治疗。在清洗时要注意力度，轻柔地将包皮向上推。
2.随着宝宝逐渐长大，包皮可慢慢上翻，这时就可将包皮轻轻翻开清洗，把藏在包皮内的尿垢清除掉。
二、龟头炎：
1.三岁孩子龟头发炎需根据严重程度来治疗。若是因清洁不当引发的炎症且不严重，家长及时做好清洁工作，可用温水或按比例将高锰酸钾溶入水中给孩子冲洗。
三、尿路感染：
1.三岁男孩出现尿路感染可能与孩子抵抗力低以及个人卫生不洁有关。可以给孩子口服抗生素药物，如红霉素颗粒、阿奇霉素颗粒进行治疗，同时也可让宝宝多喝温水以加快代谢。
家长应尽快带孩子前往医院就诊，切不可随意用药以免延误治疗致使病情加重。