小肚疼痛可能由多种原因引起。比如女性小肚疼痛，若是生理期，部分女性可能会有轻微小肚坠胀感，一般持续1-7天左右；而男性小肚疼痛原因也较多。
一、女性妇科方面原因
1. 痛经： 分为原发性和继发性。原发性痛经多从月经初潮就开始出现，主要是前列腺素合成与释放异常导致子宫平滑肌过强收缩、血管痉挛，造成子宫缺血、缺氧状态而出现小肚疼痛，常在月经前1-2天开始，月经第1天疼痛最剧烈，持续2-3天缓解。继发性痛经则是由盆腔器质性疾病引起，像子宫内膜异位症，子宫内膜组织出现在子宫体以外部位，每次月经时异位内膜也会出血，刺激周围组织引发小肚疼痛，且会随经期延长逐渐加重。2. 盆腔炎： 多发生在性活跃的生育期女性。主要是病原体感染所致，比如淋病奈瑟菌、沙眼衣原体等。患者会有下腹部疼痛，疼痛程度不一，活动或性交后加重，还可能伴有阴道分泌物增多、异常阴道出血等症状，病情严重时会出现发热甚至高热、寒战等。
二、男性泌尿生殖系统原因
1. 前列腺炎： 分为急性和慢性。急性前列腺炎多由细菌感染引起，起病急，会出现小肚疼痛，还伴有尿频、尿急、尿痛，严重时会有排尿困难或急性尿潴留，同时可伴有发热、寒战等全身症状。慢性前列腺炎病因较复杂，可能与病原体感染、免疫异常、盆底神经肌肉活动异常等有关，小肚疼痛症状时轻时重，还可能有尿频、尿急、尿不尽、性功能障碍等表现。2. 附睾炎： 多由细菌经输精管逆行感染引起，常见病原体有大肠埃希菌、葡萄球菌等。患侧阴囊会有疼痛，疼痛可放射至小肚及腹股沟区，局部还会出现红肿、发热，附睾肿大，急性发作时疼痛较剧烈。
三、肠道方面原因
1. 肠炎： 多由细菌、病毒、寄生虫等感染引起，也可能因饮食不当、药物刺激等导致。患者会有小肚疼痛，常伴有腹泻，大便次数增多，性状改变，如稀水便、黏液便、脓血便等，还可能伴有恶心、呕吐、发热等症状。比如急性细菌性痢疾，除了小肚疼痛、腹泻，大便多为黏液脓血便，伴有里急后重感。2. 肠痉挛： 可能因腹部受凉、进食过多生冷食物、肠道气体过多等引起。表现为突然发作的小肚阵发性疼痛，疼痛程度轻重不一，可自行缓解，缓解后腹部柔软，无明显压痛等体征。