胃食道反流常用的药物有质子泵抑制剂、H₂受体拮抗剂等。比如质子泵抑制剂中的奥美拉唑，能有效抑制胃酸分泌，一般可以缓解大部分胃食道反流患者的症状。
质子泵抑制剂类药物
奥美拉唑：通过抑制胃壁细胞上的质子泵，减少胃酸分泌，从而减轻胃酸对食管黏膜的刺激，通常能在一定程度上缓解胃食道反流引起的烧心、反酸等症状。兰索拉唑：也是质子泵抑制剂，作用机制与奥美拉唑类似，同样可抑制胃酸分泌，对胃食道反流有治疗作用。
H₂受体拮抗剂类药物
西咪替丁：能选择性竞争结合组胺H₂受体，减少胃酸分泌，适用于轻至中度胃食道反流患者。雷尼替丁：通过阻断组胺H₂受体来抑制胃酸分泌，可缓解胃食道反流导致的不适症状，但效果相对质子泵抑制剂可能稍弱一些。
促胃肠动力药
多潘立酮：可以促进胃肠道蠕动，加快胃排空，减少胃内容物反流至食管的机会。不过，儿童使用时需要谨慎，要在医生指导下根据年龄等情况合理应用。莫沙必利：也是一种促胃肠动力药，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善胃食道反流相关症状，但同样要注意可能存在的一些不良反应及适用人群限制。
黏膜保护剂
铝碳酸镁：能中和胃酸，还可以在食管、胃黏膜表面形成保护屏障，减轻胃酸、胆汁等对黏膜的损伤，对于胃食道反流引起的烧心、胃痛等有一定的缓解作用。硫糖铝：可以在溃疡面或炎症处形成保护膜，保护黏膜免受胃酸的侵蚀，对胃食道反流相关的黏膜损伤有一定的保护效果。