扁平疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的良性赘生物，目前并没有绝对能根治的单一方法，但可以通过多种方式综合治疗。一般来说，治疗周期可能需要数周甚至数月，具体恢复情况因人而异。
外用药物治疗
维A酸类药物：像维A酸乳膏就可以使用，它能调节表皮细胞的分化，促进疣体脱落，但起效相对较慢，可能需要连续使用数周才能看到明显效果。水杨酸：水杨酸具有角质剥脱作用，可用于治疗扁平疣，能帮助去除疣体表面的角质层，不过使用时要注意避免接触正常皮肤，以免引起刺激。
物理治疗方法
冷冻治疗：这是比较常用的物理治疗方式，利用低温使疣体坏死脱落。一般一次冷冻后，可能需要间隔2 - 3周再进行下一次治疗，通常需要2 - 3次左右才能完全去除疣体，但治疗过程中可能会有疼痛感觉。激光治疗：激光可以直接烧灼疣体，使其碳化脱落。激光治疗相对冷冻来说，对于一些较大的疣体可能更有效，但术后要注意保持创面清洁，防止感染，恢复时间一般在1 - 2周左右。
免疫调节治疗
干扰素：可以通过调节机体免疫功能来发挥作用。可以采用局部注射干扰素的方法，不过局部注射可能会有轻微的局部反应，如注射部位的红肿等，但能帮助增强机体对HPV的清除能力。不过干扰素的使用需要在医生的严格指导下进行，因为它也有一定的副作用和禁忌证。
日常注意事项
避免搔抓：扁平疣具有传染性，搔抓可能会导致疣体自身接种，使疣体数量增多。所以要尽量避免用手搔抓患处。注意个人卫生：保持皮肤清洁，不与他人共用毛巾、脸盆等个人物品，防止交叉感染。同时，要注意增强自身免疫力，保证充足的睡眠、合理的饮食，适度进行体育锻炼等，因为机体免疫力提高有助于身体对HPV的清除。