引起胎记的根本原因目前尚未完全明确，但一般认为主要与以下几方面因素有关。首先是胚胎发育过程中的异常。在胚胎发育早期，也就是怀孕后的前几个月内，皮肤组织在发育时出现了异常的增生或色素沉着等情况。例如，有些胎记是因为胚胎时期黑素细胞在从神经嵴向表皮移行的过程中发生了异常聚集，从而形成了色素型胎记，像太田痣就是由于黑素细胞在局部聚集过多导致的。
遗传因素相关
基因层面影响： 部分胎记具有一定的遗传倾向。研究发现，某些特定类型的胎记可能与家族遗传基因有关联。如果家族中有亲属患有某种胎记，那么后代出现类似胎记的概率可能会相对高一些。比如有些血管型胎记，可能存在特定的基因变异传递情况，使得下一代更容易出现相关血管异常增生形成的胎记。显性遗传表现： 从遗传方式来看，可能是显性遗传的一种体现。当携带相关遗传基因的父母将基因传递给子女时，子女就有较大几率出现胎记相关的皮肤表现。当然，这并不是绝对的，只是存在一定的遗传易感性。
环境因素影响
孕期环境刺激： 孕妇在怀孕期间的一些环境因素可能会影响胎儿胎记的形成。比如孕妇在孕期接触了某些化学物质，像一些含有特殊化学成分的工业污染物等，可能会干扰胎儿皮肤组织的正常发育，导致胎记的产生。另外，孕期受到辐射等不良环境因素影响，也可能对胎儿皮肤的发育过程产生作用，增加胎记出现的可能性。营养与生活习惯： 孕妇的营养状况和生活习惯也可能间接影响胎儿。如果孕妇在孕期缺乏某些必要的营养成分，如某些维生素等，可能会影响胎儿皮肤组织细胞的正常分化等过程，从而增加胎记形成的风险。而且孕期如果有不良的生活习惯，比如大量吸烟、酗酒等，也可能对胎儿发育产生不利影响，进而与胎记的形成有一定关联。
血管发育异常方面
血管增生情况： 对于血管型胎记来说，根本原因往往涉及血管的异常发育。在胚胎发育过程中，血管组织的形成出现了紊乱。例如，鲜红斑痣就是由于真皮浅层毛细血管扩张、畸形所导致的。这些血管在结构和功能上与正常血管不同，可能是在血管生成因子和抑制因子失衡的情况下，导致血管过度增生或者异常分化，最终在皮肤表面呈现出特殊的胎记表现。血管内皮细胞异常： 血管内皮细胞的异常增殖也是血管型胎记形成的关键因素之一。内皮细胞本应按照正常的发育程序进行增殖、迁移和分化，但在某些因素作用下，内皮细胞出现了异常的增殖失控现象，使得血管结构发生改变，进而形成了如草莓状血管瘤等血管型胎记，表现为皮肤局部的异常血管团块样增生。