避孕药第二粒超12小时，首先要根据避孕药的类型来处理。如果是复方短效口服避孕药，一般超12小时内想起应尽快补服，若超过12小时可能会影响避孕效果，这时候在接下来的7天内需要同时采取其他避孕措施，比如使用避孕套。
不同类型避孕药的处理方式
复方短效口服避孕药：
如果是复方短效口服避孕药，发现第二粒超12小时未服，在想起时尽快补服第一片漏服的药物，然后按常规时间服用下一片。但如果距离下次服药时间已不足12小时，就不需要补服，直接按下次服药时间服用即可，不过在接下来的7天内要加用屏障避孕法（如避孕套）。例如，原本每天固定8点服药，若12点后才想起服第二粒，若离下次8点服药时间还有超过12小时，就尽快补服，然后8点再服下一粒；若离8点不足12小时，就8点直接服下一粒，同时接下来7天用避孕套。
紧急避孕药：
紧急避孕药一般是在无防护性生活或避孕失败后72小时内服用有效。如果是紧急避孕药，第二粒超12小时，首先要看是否在72小时内。若还在72小时内，尽快补服第二粒；若已超过72小时，那避孕失败的风险会增加，这时候要留意月经情况，若月经推迟超过一周，要及时用早孕试纸检测是否怀孕。比如，72小时内想起超12小时没服第二粒，马上补服；要是过了72小时才想起来，就要关注后续月经等情况。
超时间后的避孕效果影响
一般来说，复方短效口服避孕药超12小时未服，避孕失败的概率会增加，因为药物在体内的浓度可能不能维持稳定的避孕水平。而紧急避孕药超12小时，尤其是超过72小时后，避孕成功率会明显下降。所以在服用避孕药时，最好尽量按时服药，以保证避孕效果。如果确实出现超时间的情况，要按照不同类型避孕药的处理方式来应对，并密切关注自身身体变化。
特殊人群需注意的情况
对于一些特殊人群，比如有肝肾功能不全的女性，在处理超12小时未服避孕药的情况时要更加谨慎。肝肾功能不全可能会影响药物的代谢，这时候补服药物或者后续的避孕措施选择可能需要更专业的评估。同时，处于哺乳期的女性服用避孕药也需要特别注意，因为药物可能会通过乳汁影响婴儿，这时候超12小时未服避孕药的处理要在医生指导下进行，可能需要选择对婴儿影响较小的避孕方式来替代。