牙周炎的药物治疗需根据病情来，一般会用到抗菌药物等。常用的抗菌药物有甲硝唑，它能抑制厌氧菌生长，但2岁以下儿童禁用；还有阿莫西林，对多种细菌有抑制作用，不过青霉素过敏者不能用。
局部用药方面
含漱剂： 像氯己定含漱液，浓度一般是0.12% - 0.2%，每天含漱2次，每次含漱10 - 30秒，能减少口腔内的细菌数量，帮助控制牙周炎症，但长期使用可能会使牙齿和舌苔着色。局部涂布药物： 比如米诺环素凝胶，可直接作用于牙周袋内，持续释放药物来抑制细菌，一般每周使用1次，能在一定程度上减轻牙周的炎症反应。
全身用药情况
病情较重时： 若牙周炎病情比较严重，出现全身症状，可能会用到抗生素联合用药，像阿莫西林联合甲硝唑，不过用药前需要做过敏测试等。但全身用药一般是短期使用，因为长期全身用抗生素可能会导致菌群失调等问题。
辅助用药
维生素类： 补充维生素C等，维生素C有助于维持牙龈的健康，一般建议每天从食物中获取足够的维生素C，比如柑橘类水果、草莓、猕猴桃等富含维生素C，如果饮食中摄入不足，也可以在医生指导下补充制剂，但一般通过合理饮食就能满足需求。中药辅助： 有些中药制剂也可能对牙周炎有辅助治疗作用，比如一些具有清热消炎作用的中药，但中药的使用需要在专业医生的指导下，根据个体情况来应用，因为不同人的体质等因素不同，中药的疗效和安全性也需要综合评估。