新生儿眼底筛查一般不会有危害，但操作不当可能引发多种问题，需咨询医生了解详情。具体如下：
一、眼睑损伤：
眼底筛查主要用于查看新生儿视网膜发育状况，检查时常使用扩眼器。若操作不当，可能导致眼睑损伤。所以在检查过程中要确保操作规范且动作轻柔，以预防该症状的出现。
二、结膜炎：
新生儿出生后机体免疫力相对较低，眼底筛查属于侵入性操作。如果未严格执行无菌操作，可能引起结膜感染。此时可在医生指导下使用红霉素眼膏、注射用头孢唑林钠注射液等药物进行治疗。
三、结膜出血：
进行眼底检查时需进行表面麻醉，在麻醉过程中若操作不当，可能造成结膜出血。因此操作时务必轻柔，且操作结束后应使用眼药水进行处理，以防出现异常情况。
四、视网膜病变：
此外，还可能会导致视网膜病变的情况，应选择合适方式予以缓解。
总之，虽然新生儿眼底筛查通常较为安全，但要注意避免不当操作引发的一系列问题。