引起孩子发烧、头疼的原因有很多，包括感染性因素和非感染性因素。其中感染性因素主要有神经系统感染、呼吸道感染、胃肠道感染等，也可能有泌尿系统感染；非感染性因素主要涉及一些结缔组织病、肿瘤性疾病等。
一、感染性因素：
1.神经系统感染：孩子出现化脓性脑膜炎、病毒性脑膜炎等神经系统感染时，会有发烧症状。同时，由于病原体侵犯中枢神经系统，导致颅内压升高，进而会引发头疼。比如化脓性脑膜炎，这是由化脓性细菌感染所致的脑脊膜炎症，常伴有颅内压增高，表现为发热、头痛、呕吐等。病毒性脑膜炎则主要由病毒引起，也会出现类似症状。
2.呼吸道感染：细菌或病毒导致的感冒发烧时，因孩子体温过高，可能引起颅脑血管扩张，从而产生头疼。像普通感冒，多数是由鼻病毒等引起，可出现发热、头痛、鼻塞等表现。
3.胃肠道感染：主要是病原菌被吞入胃肠道而引发，孩子感染后，体温调节中枢上移，就会有发烧、头疼现象。比如一些胃肠道炎症，可由细菌、病毒等感染引起。
4.泌尿系统感染：如果孩子存在尿道炎等泌尿系统感染疾病，在炎症反应较剧烈时，也可能出现发烧、头疼。
二、非感染性因素：
一些结缔组织病、肿瘤性疾病等，会干扰机体免疫系统，造成免疫功能紊乱，刺激体温调节中枢，致使孩子发烧，并且疾病本身可能导致孩子头疼。
部分孩子在经过退热处理后，头疼能够得到缓解。如果孩子发烧头疼，需要积极进行对因和对症处理，以防止病情进一步发展，同时帮助孩子尽快缓解症状。总之，对于孩子发烧头疼的情况要重视，明确原因并及时采取合适的措施。