补牙后一直牙疼牙根自发疼，可能是以下原因引起的：
1.充填物过高：补牙后，充填物的高度不合适，咬合时会导致牙齿受到额外的压力，引起疼痛。
2.牙髓炎：如果龋齿较深，补牙前牙髓已经受到感染，补牙后可能会发展为牙髓炎，导致牙根自发疼。
3.根尖周炎：补牙后，细菌可能通过根管逆行感染，引起根尖周炎，导致牙疼。
4.牙周炎：如果患者本身有牙周炎，补牙后可能会加重病情，引起牙龈肿痛、牙根自发疼等症状。
5.其他：补牙后不注意口腔卫生，导致食物残渣堆积，细菌滋生，也可能引起牙疼。
如果补牙后出现牙疼牙根自发疼的症状，建议及时就医，进行详细的口腔检查和诊断，以确定病因，并采取相应的治疗措施。在等待就医期间，应避免用患侧咀嚼食物，避免食用辛辣、刺激性食物，保持口腔清洁。