女性泌尿系统感染通常是由细菌等病原体入侵引起的，大约50%~60%的女性在一生中至少会发生一次泌尿系统感染。
解剖结构因素
女性尿道短而直：女性的尿道长度一般在3~5厘米左右，相比男性尿道短很多，这使得细菌更容易从尿道外口进入尿道并上行至膀胱等泌尿系统部位引发感染。例如，大肠杆菌等常见致病菌很容易通过短而直的尿道侵入。尿道与阴道、肛门邻近：女性尿道外口靠近阴道和肛门，阴道内的菌群以及肛门周围的细菌容易污染尿道。比如，大便中的大肠杆菌等可能会污染尿道外口，从而增加泌尿系统感染的风险。
生理周期因素
经期卫生不良：女性在月经期间，经血是细菌良好的培养基，如果不注意及时更换卫生巾，会为细菌的滋生和繁殖提供有利条件。一般建议女性经期每2~4小时更换一次卫生巾，保持外阴清洁干燥。妊娠期影响：怀孕时，增大的子宫会压迫输尿管，导致尿液引流不畅，使得泌尿系统感染的几率增加。据统计，妊娠期女性泌尿系统感染的发生率比非妊娠期高2~3倍。而且孕期身体的生理变化也会改变泌尿系统的环境，利于细菌生长。
性生活相关因素
性生活时细菌易侵入：性生活会将外阴及阴道内的细菌挤入尿道，从而引发感染。例如，性行为过程中，可能会把阴道内的大肠杆菌等病原体带到尿道附近，进而导致感染。另外，频繁的性生活也会增加感染的机会，建议性生活后及时排尿，通过尿液的冲刷可以减少尿道内的细菌数量。避孕方式影响：使用杀精子剂避孕的女性，泌尿系统感染的发生率相对较高。这是因为杀精子剂可能会改变阴道内的环境，破坏阴道的自净作用，使得细菌更容易侵入尿道引发感染。
机体免疫力因素
免疫力低下时易感染：当女性机体免疫力下降时，比如患有糖尿病等基础疾病，或者长期使用免疫抑制剂等情况，身体抵御细菌的能力减弱，就更容易发生泌尿系统感染。糖尿病患者由于血糖较高，有利于细菌生长繁殖，据研究，糖尿病患者泌尿系统感染的发生率比正常人高很多。