治鼻窦炎常用的药物有抗生素、鼻用糖皮质激素、黏液促排剂等。一般来说，抗生素可选用阿莫西林克拉维酸钾等，对于细菌感染引起的鼻窦炎有较好效果。
抗生素类药物：
青霉素类： 如阿莫西林，适用于革兰阳性菌及部分革兰阴性菌感染引起的鼻窦炎，不过对青霉素过敏者禁用。头孢菌素类： 像头孢克肟，抗菌谱较广，能有效杀灭引起鼻窦炎的常见细菌，但对头孢类药物过敏者不能用。
鼻用糖皮质激素：
糠酸莫米松鼻喷雾剂： 可减轻鼻腔炎症反应，缓解鼻塞、流涕等症状，一般建议成人及12岁以上儿童使用，使用时要注意正确的喷鼻方法。布地奈德鼻喷雾剂： 同样能发挥抗炎作用，减轻鼻黏膜的水肿，2岁以上儿童及成人可使用，使用前需摇匀药液。
黏液促排剂：
桉柠蒎肠溶软胶囊： 能促进鼻腔和鼻窦分泌物的排出，改善鼻腔通气，成人一般一次0.3g，一日3-4次，儿童需根据体重等情况在医生指导下使用。标准桃金娘油肠溶胶囊： 也可促进黏液排出，稀释脓鼻涕，成人常用剂量为一次300mg，一日2-3次，儿童用药需谨慎。
减充血剂：
麻黄碱滴鼻液： 能收缩鼻黏膜血管，减轻鼻塞症状，但连续使用一般不宜超过7天，长期使用可能导致药物性鼻炎。赛洛唑啉滴鼻液： 起效较快，可缓解鼻塞，但也不建议长期使用，儿童使用时要注意浓度等问题。