月经结束后同房有褐色分泌物，可能是以下原因导致：
一、月经残留：月经结束后可能仍有少量经血未完全排出，此时同房，宫腔受到刺激会致使残留经血排出，进而出现褐色分泌物。这是因为月经的结束并非意味着经血瞬间完全停止流出，可能会有部分经血在宫腔内残留一段时间。
二、阴道炎：若患有阴道炎，在同房过程中会对阴道黏膜造成刺激，使阴道黏膜充血水肿状况加重，当毛细血管破裂时，就会有褐色分泌物产生。阴道炎会使阴道内环境发生改变，导致黏膜处于比较脆弱和敏感的状态。
三、宫颈炎：存在宫颈炎时，同房过程中过度用力可能刺激宫颈部位，导致相关症状加重。宫颈炎可能使宫颈组织容易受到外力影响而出现异常表现。
总之，月经结束后同房出现褐色分泌物可能由多种情况引起，需要结合具体症状和检查进行综合判断和分析。