中医治疗肛瘘包括外治法和内治法，且中医也可进行手术，通常可挂中医肛肠科或中医痔瘘科。
一、内治法：
1.主要用于手术前后，可增强体质、减轻症状并控制炎症发展。
实证者：以清利湿热为主，采用二妙丸合萆薢渗湿汤加减。
虚证者：以养阴清热为主，运用青蒿鳖甲汤加减，若肺虚可加沙参、麦冬，脾虚可加白术、淮山药，若气血不足则以养血补气为主，采用八珍汤加减。
二、外治法：
1.以手术治疗为主，即将瘘管全部切开，必要时适当修剪瘘管周围瘢痕组织以保证引流通畅，促使创口逐渐愈合。手术成功的关键在于准确找到内口并切开或切除，否则疮口难以愈合，即便暂时愈合也易复发。
目前常用手术疗法有：挂线疗法、切开疗法以及切开与挂线疗法相结合这三种。
术后注意事项：
1.要保持大便通畅，必要时给予润下剂。
2.术后疼痛可给予止痛药。
3.每日便后可用高锰酸钾溶液坐浴、换药。
4.肛瘘切开或挂开后，若有少量脓水流出且四周肿胀逐渐消散，但若仍有较多脓水、肿块不消，应检查是否有残留管道。
5.如有局部感染，给予清热解毒药物内服。
总之，中医治疗肛瘘有内治和外治等多种方法，且术后有一系列相应的护理和注意事项，需根据具体情况合理运用和处理。