龟头底部发黑存在生理性和病理性原因。生理性原因主要是男性性发育时，随着雄性激素分泌，第二性征表现为阴茎变大、变长、变粗，会阴部出现色素沉着，导致阴茎龟头及阴囊都变黑，这无需特殊处理。病理性原因包括：
一、龟头黑斑，是由黑色素长期沉积引起，不会对龟头造成损伤，通常也无需特殊处理。
1.形成原因：黑色素的长期沉淀。
2.特点：不会对龟头产生损害。
二、龟头炎，可使局部血液不畅从而引起龟头发黑。
1.治疗方法：应在医生指导下口服消炎药物，如配合外涂红霉素软膏等抗炎药膏，且要经常清洗龟头。若反复发作且存在包皮过长，可考虑进行包皮手术。
(1)口服药物：在医生指导下选择合适的消炎药物。
(2)外用药物：如红霉素软膏等。
(3)日常护理：经常清洗龟头。
(4)手术考虑：若反复发作且包皮过长，可考虑包皮手术。
总之，若反复出现龟头发黑的情况，患者需及时到医院检查并在医生指导下进行治疗。