目前并没有特定的药物能直接消除甲状腺结节。不过，若甲状腺结节伴有甲状腺功能亢进，可使用抗甲状腺药物，如甲巯咪唑，它能抑制甲状腺激素的合成，一般需要规范用药数月甚至更长时间来控制甲状腺功能；若伴有甲状腺功能减退，可能会用到左甲状腺素钠片，通过补充甲状腺激素来维持机体正常的代谢功能。
甲状腺结节伴甲亢时的药物情况
甲巯咪唑： 它是常用的抗甲状腺药物，通过抑制甲状腺过氧化物酶，从而阻断甲状腺激素合成。但要注意，孕妇在妊娠前三个月一般慎用甲巯咪唑，因为可能对胎儿有一定影响。用药过程中需要定期监测血常规和肝功能，因为部分人可能会出现白细胞减少、肝功能损害等不良反应。
甲状腺结节伴甲减时的药物情况
左甲状腺素钠片： 用于补充甲状腺激素，维持甲状腺功能正常。对于老年患者或者有心血管疾病的患者，起始剂量要小，调整剂量的速度要慢，因为过量补充甲状腺激素可能会加重心血管负担，导致心悸、心律失常等问题。一般需要根据甲状腺功能检查结果来调整药物剂量，通常需要长期服用。
甲状腺结节无功能异常时的药物辅助情况
中成药辅助： 一些中成药可能对甲状腺结节有一定辅助作用，比如夏枯草胶囊等，它有一定的消肿散结作用，但目前其确切疗效还需更多大样本临床研究证实。不过，服用中成药也需要注意，比如孕妇一般不建议服用夏枯草胶囊，而且在服用过程中如果出现胃肠道不适等不良反应，应及时就医。需要注意的是，药物治疗甲状腺结节主要是针对伴随的甲状腺功能异常情况，而对于甲状腺结节本身，一般药物不能使其消失。如果甲状腺结节考虑有恶性可能等情况，往往需要手术等其他治疗方式，而不是单纯依靠药物治疗。