怀孕快三个月时肚子隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长。在这个过程中，子宫可能会出现间歇性的收缩，引起轻微的腹痛。这种疼痛通常是钝痛或隐痛，不会持续很长时间，也不会伴有阴道出血等异常症状。
2.韧带拉伸：随着子宫的增大，子宫圆韧带被牵拉，可能会引起腹部一侧或双侧的疼痛。这种疼痛通常是钝痛或隐痛，多出现在孕妇的下腹部子宫一侧或双侧。
3.其他原因：如果孕妇在怀孕期间过度劳累、姿势不当、腹部受到撞击等，也可能会引起腹部隐痛。
如果疼痛持续时间较长、程度较重，或伴有阴道出血、破水等异常症状，应及时就医，以排除先兆流产、宫外孕等异常情况。在就医前，孕妇应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，避免紧张和焦虑。同时，应注意观察腹痛的变化，如果出现异常症状，应及时就医。