肠系膜淋巴结炎多由病毒感染引起，一般不需要特殊的抗病毒药物治疗，可对症处理。如果孩子有腹痛等症状，可使用一些缓解症状的药物。比如，对于腹痛明显的患儿，可在医生指导下使用山莨菪碱等解痉药来缓解肠道痉挛，减轻疼痛。
对症治疗药物
腹痛缓解药物：山莨菪碱可解除胃肠道平滑肌痉挛，从而缓解因肠系膜淋巴结炎引起的腹痛症状，但2岁以下儿童要慎用。还有颠茄合剂也能起到解痉止痛作用，不过同样需遵医嘱使用。发热处理药物：如果患儿体温超过38.5℃，可考虑使用对乙酰氨基酚来退热，该药适用于3个月以上的儿童和成人，需按照体重准确用药；布洛芬也是常用的退热药物，6个月以上患儿可使用，同样要注意剂量。
针对病毒感染的辅助药物
清热解毒中成药：一些具有清热解毒作用的中成药可能对病毒感染有一定辅助作用，比如小儿豉翘清热颗粒，它可以缓解肠系膜淋巴结炎患儿发热、流涕、咽痛等症状，但需在医生判断适合的情况下使用，且要注意查看药物禁忌和患儿是否有过敏等情况。还有蓝芩口服液，也有清热解毒、利咽消肿的功效，可辅助改善相关症状，但同样要遵循医生指导。
特殊人群用药注意
儿童用药：儿童使用上述药物时，一定要严格按照儿童的体重、年龄来调整剂量。比如对乙酰氨基酚，要根据儿童体重计算合适的服用剂量，不能自行随意增减。而且不同年龄段儿童对药物的耐受性不同，像2岁以下儿童使用山莨菪碱需格外谨慎，必须在医生密切监护下使用。过敏患儿：如果患儿对所用药物成分过敏，则绝对不能使用相应药物。比如对布洛芬过敏的患儿，就不能用布洛芬来退热，需更换其他合适的退热方法和药物。